若年性特発性関節炎では、関節の炎症が続くことで、経過によっては関節の破壊・変形などの重篤な関節障害が残ってしまう危険性があります。特に発育途上にある子どもに発症するので、成長への影響も考えられます。
そのため、子どもの成長をはかりながら関節障害を予防することが、若年性特発性関節炎の治療の最大の目標と考えられています。
若年性特発性関節炎の治療は、薬物療法が中心に行われます。長期にわたる治療のなかでは、心身の成長や学校生活との両立を目指して、医師や看護師だけでなく、ご家族や学校の先生や友達など多方面からのサポートが必要になります。

全身型と全身型以外の関節炎では治療内容が異なります。全身型では全身の症状に対する治療、全身型以外の関節炎では関節炎に対する治療が中心で、それぞれ治療に使う薬も異なります（一部は共通しています）。

発熱などの全身症状をできるだけ抑え、病態をコントロールすることを目的に、副腎皮質ホルモン薬（ステロイド）が治療の中心になります。また、ステロイドをどうしても減量できない場合や関節炎が持続する場合には生物学的製剤が使われます。

まずは、非ステロイド性消炎鎮痛薬（NSAIDs）による治療を開始し、関節の破壊や変形のリスクがあれば抗リウマチ薬による治療を開始します（ステロイドが併用されることもあります）。抗リウマチ薬による治療の開始から2〜3ヵ月経過しても、関節炎が改善しない場合には、生物学的製剤が使われます。